省机关服务中心设五个内设部门：
（一）综合办公室
负责文秘、机要、档案、信息、会务、法务、保密、采购、项目维修、宣传、信访等工作；负责拟订中心内部规章制度并组织实施；负责拟定中心固定资产和经营性资产具体经营管理办法；负责资产的合同审核与签订；负责督办检查领导批示、中心重大决策及工作部署；负责信息公开、应急管理、信息化建设工作；负责督促、检查和指导安全生产工作；负责中心本部后勤事务。
（二）党建人事部
负责服务中心和所属企业的党建、党群工作；负责中心机构编制、人事管理、劳动工资、社会保障、教育培训、工会活动等工作，按照干部管理权限，在主管局的指导下负责正科级及以下干部的选拔任用、组织备案等工作；负责人事档案管理；负责工作人员因私出国（境）管理；负责落实退休人员退休待遇及退休干部职工管理和服务工作；负责中心精神文明建设工作；负责效能建设工作。
（三）财务部
承担中心年度预算、决算和各种财务报表编制；财务收支核算和日常财务管理工作；负责拟订中心财务管理制度和监督检查执行情况；对所属服务经营单位财务收支情况进行指导和监督；负责内部审计工作；负责财务委派人员的培训和管理；对中心重大投资和经营活动提供建议和意见；负责中心经营性资产收益的收缴、统计、开具租金催缴通知书、档案管理、信息化管理；负责中心固定资产的日常管理和国有资产报表统计、产权年检工作；负责组织资产评估、处置相关工作；协调处理省直中机中泰汽车服务有限公司相关事务。
（四）机关食堂管理部
负责省政府各机关食堂的管理和膳食保障工作；负责拟订机关食堂管理制度，健全机关食堂考评办法和服务标准，推进机关食堂标准化、精细化管理；加强日常监管，把好原材料采购关、饮食卫生关、菜肴质量关，确保饮食卫生和安全；组织机关食堂从业人员培训，搭建省直机关食堂交流平台，发挥行业引领和指导作用；开展食品卫生、健康饮食宣传工作，倡导厉行节约，反对食品浪费；负责就餐卡审核办理工作。
（五）资产物业管理部
负责主管局委托的办公区物业管理工作，指导和监督安全保卫、交通秩序、应急消防、设备维护、会务保障、卫生保洁、绿化美化等工作；制定办公区物业管理服务考评标准、进行业务指导、组织实施、检查监督；协调处理物业管理公共关系；负责节能产品推广和节能减排工作；负责主管局委托的修缮项目和中心管辖范围内的各类修缮工作，负责项目资料归档等工作；做好中心经营性资产出租方案拟订、资产招租工作；资产权益维护和纠纷调处；做好日常管理巡查、欠租催收、装修管控、资产腾退、应急处置及协调物业管理、修缮维护等工作；负责周转房管理相关工作。